Ob Autostitch besser ist, kann ich nicht beurteilen, ich verwende schon seit Jahren hugin und bin zufrieden. Deinen Fehler kann ich nicht nachvollziehen, hab grad extra Windows gestartet, aber bei mir funktioniert hugin sowohl mit autopano als auch mit autopano-sift.
Egal, viel Spaß beim Stitchen, das kostet Zeit, aber es macht riesig Spaß! Ich fotografier seither im Urlaub haufenweise Panoramen.